Come ormai si è capito  mancano regole certe al governo della Chiesa e quelle poche esistenti, dettate dalla consuetudine e dalla tradizione, sembrano fatte apposta per essere di norma  violate. Inoltre il papato sta tentando, trovando molta resistenza, di dare sostanza al potere temporale con la creazione di un vasto territorio nell’Italia centrale sotto la propria giurisdizione politica e amministrativa. In questo periodo Roma è preda dell’anarchia più totale con il frate agostiniano Arnaldo da Brescia che accusa il clero di cercare solo beni materiali e i repubblicani che vogliono governare la città in modo laico e libero come i Comuni del nord Italia. I papi sono costretti a vivere altrove come Anagni, Civita Castellana, Viterbo, la Francia meridionale, Verona.
Se bastano tre giorni per eleggere Alessandro III ( 1159 – 1181 ) , bastano due cardinali dissidenti, spalleggiati da famiglie potenti, per eleggere l’antipapa Vittore IV nell’Abbazia di Farfa ( prov. di Rieti). A complicare le cose ci si mette l’imperatore Federico Barbarossa, che, per il principio del “divide et impera”, parteggia per l’antipapa che, servilmente, gli rende omaggio come umile vassallo. Alessandro III in un Concilio che presiede a Montpellier, è riconosciuto come unico e legittimo papa, quindi torna Roma, mentre il Barbarossa si prepara a scendere per la terza volta in Italia con l’intento di battere i Comuni , pronti a difendere la propria autonomia politica ed economica. Alessandro III si schiera con la Lega Lombarda che si era costituita con il Giuramento di Pontida ( 7 aprile 1167 ). Il 29 maggio 1176 Barbarossa è sonoramente sconfitto a Legnano. L’imperatore, in grave difficoltà anche perché in Germania la sua posizione non è tranquilla e sicura, è costretto a chiedere aiuto al Pontefice che tanto aveva avversato sostenendo la serie degli antipapi ( Vittore IV, Pasquale III, Callisto III ) e, da perfetto Giuda, bacia il piede del papa in segno di sottomissione. Il pontificato, iniziato in un clima incandescente con fughe e disastri, si conclude con un breve periodo di pace tanto che Alessandro III può dedicarsi veramente al servizio della Chiesa. Uomo energico, colto teologo e preparato in questioni  di procedura canonica, nel tentativo di mettere un po’ di ordine nella Istituzione Chiesa, indice il Concilio lateranense III per il marzo 1179, al quale partecipano 302 vescovi per la metà italiani. Nelle tre sessioni ( 5, 7, 19 marzo 1179 ) vengono emanati 27 canoni su vari argomenti, molti dei quali già affrontati inutilmente nei precedenti Concili.
Il più importante è il primo ( Licet de evitanda discordia ) nel quale si stabiliscono le regole per l’elezione del papa al fine di chiudere con gli scismi facili e gli antipapi a catena.
D’ora in poi solo i cardinali dei tre gradi ( diaconi, preti e vescovi ) possono eleggere il nuovo pontefice ed occorre una maggioranza dei due terzi dei voti perché l’elezione sia valida: è la prima volta che si istituisce un’elezione vera secondo il principio di maggioranza, al posto delle acclamazioni che fino allora hanno permesso le interferenze di imperatori, popolo, laici, famiglie potenti, ecc. Nasce così il conclave, luogo riservato ai soli cardinali elettori. Appena terminato il Concilio, Alessandro III, per la propria incolumità, deve nuovamente fuggire da Roma di fronte alle aspirazioni repubblicane dei romani e alle inaccettabili pretese finanziarie e di benefici ecclesiastici da parte delle potenti famiglie per proteggerlo. Muore a Civita Castellana (prov. di Viterbo) il 30 agosto del 1181. Lo stato d’incertezza e d’instabilità continua anche con i successori con grave danno al prestigio, all’autorità del papato e alla funzione della Chiesa. 
Sicuramente il tardo medioevo è tra i periodi più turbolenti e scuri da decifrare della storia d’Italia e la Chiesa non è un corpo avulso da questa cruda realtà.